實時熒光定量(RT-qPCR)想必大家都不陌生,根據其實驗步驟的不同,可以分為“一步法”與“兩步法”。目前來說,兩步法研究者用的比較多,即是將反轉錄和PCR擴增分兩步進行,首先從RNA模板反轉錄得到cDNA,得到的cDNA再進行一次或多次不同的PCR反應。這種方法的最大優(yōu)點是可以保存反轉錄后的cDNA產物,但對于需要對大量樣品進行分析或定量PCR,又或是對防污染要求比較高的研究者來說是不適用的,而一步法RT-qPCR就很好的解決了這類實驗難題。
簡單來說,一步法熒光定量就是逆轉錄和定量PCR在一個反應管內一步完成,使逆轉錄酶與DNA聚合酶在同一管內同樣緩沖液條件下完成反應,整體實驗操作簡便,非常適合于研究生使用。目前,除了像Thermo Fisher此類國際生物試劑品牌,國內的像Starvio也有用下來不錯的一步法熒光定量試劑盒,這些試劑普遍具有以下幾個特點:
1、操作簡單
加樣環(huán)節(jié)少,兩步反應都在一個管中完成,這種方法能克隆微量mRNA而不需構建cDNA文庫,省略了cDNA與qPCR反應之間體系轉換的過程,操作方便快捷,也大大提高了實驗的效率,非常適用于高通量擴增/篩選;
2、減少污染
cDNA合成和擴增之間不需要打開反應管蓋,更少的移液步驟能夠減少污染的風險,同時具有更少的實驗誤差;
3、靈敏度更高
一步法反轉錄得到的所有cDNA都用來擴增,所以相比于兩步法來說靈敏度更高,可高出10倍,且最低可檢測到1 pg總RNA中的目標片段,有些兩步法無法檢測到的數據,用一步法可以檢出。
此外,我們還購買了一款國產品牌的一步法RT-qPCR試劑盒與Starvio的進行了比較,結果如下圖所示,從擴增曲線結果來看,Starvio一步染料法熒光定量PCR試劑盒反應更為靈敏,線性范圍寬,穩(wěn)定性好。
圖1.以人的總RNA為模板,10倍系列稀釋,一步法擴增ubiquitin基因的一個片段,每個反應重復3次。紅線為Starvio一步染料法熒光定量PCR試劑盒的擴增結果,綠線為國內另一品牌供應商的擴增結果。